建设专业化的
校区圏
釜山大学于2006年3月与密阳大学合并，实现了大学运营的改革，并成功进行了结构改革，加快了不同校区的专业化进程。
以合并为契机，使釜山-梁山-密阳联系在一起，建立起了专业化的校区带，釜山大学作为东南圈地区的智库，进一步巩固了其智库的地位。同时，还特别树立了校区专业化战略，釜山校区为研究核心校区，梁山校区为世界医疗中心，密阳校区专攻纳米和生物领域。
釜山校区的研究核心校园化
根据发展计划，将釜山校区建设成为研究核心校区，树立现代化战略，将所有教室更换为最尖端的电子化学习教室。该“教室改革”计划从2006年开始已推行了3年，目前所有的教室都基本实现了高新技术化，进一步奠定了釜山校区作为研究核心大学的基础。
梁山校区的医疗生命科学专业化 - “创建世界医疗中心"
梁山校区于2008年11月建立了梁山釜山大学医院，随后每年陆续创办了牙科医院、儿童医院、韩方医院、岭南圈地区的康复医院、脑神经中心等等。特别是在建好医学专业研究生院、牙医学专业研究生院、韩医学专业研究生院、护理学院之后，于2009年3月正式开始在梁山校区进行研究和授课。
密阳校区的纳米/生物专业化
密阳校区开设有纳米科技学院和生命资源科学学院，与世界生命工学领域权威德国弗劳恩霍夫界面技术和生物工程研究所（Fraunhofer IGB）设立了联合研究中心。 而且为了培养纳米科技领域核心专业人才，以单科学院的形式设立了韩国首个纳米科技学院，重点提供学制间相互联合的纳米专业教育、建设纳米基础设施的纳米专业化教育、培养纳米科技专业人才的现场个别化教育。而且21世纪的新增长点是生命资源科学领域，目前为止，致力于运营引领该领域发展的生命资源科学学院，并已取得了相当的成果。